โครงสร้างสถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข ประกอบไปด้วย
  1. คณะกรรมการสถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข
  2. คณะอนุกรรมการบริหารงานบุคคล และ คณะอนุกรรมการติดตามประเมินผล
  3. ผู้อำนวยการ ซึ่งมีผู้ช่วยผู้อำนวยการช่วยดูแล ทั้งทางฝ่ายวิชาการ และฝ่ายบริหาร
  4. ฝ่ายวิชาการ มีรองผู้อำนวยการฝ่ายวิชาการดูแลทั้งหมดสองกลุ่มคือ
    1. กลุ่มบริหารจัดการงานวิจัย
    2. กลุ่มจัดการความรู้
  5. ฝ่ายบริหาร มีรองผู้อำนวยการฝ่ายบริหารดูแลทั้งหมดหกหน่วยคือ
    1. หน่วยสื่อสารความรู้
    2. หน่วยเทคโนโลยีและสารสนเทศ
    3. หน่วยสนับสนุนทั่วไป
    4. หน่วยทรับยากรมนุษย์
    5. หน่วยนโยบายและวางแผน
    6. หน่วยตรวจสอบภายในและนิติการ